در ساختار تشکیلاتی جدید و با دستور مدیر حوزه های علمیه، دبیرخانه ستاد همکاری های حوزه و آموزش و پرورش، هم چنان به صورت مستقل و تحت نظر مدیر حوزه های علمیه به فعالیت خود ادامه خواهد داد.